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El azar quiso que este último partido de Liga se jugase en San Mamés, Joseba Etxeberria inauguró el marcador en el minuto 40′ de la primera parte y el equipo rojiblanco aguantó el resultado hasta el final del partido. Txetxu Rojo sería el encargado de dirigir al equipo en la nueva temporada 2000/01, con una plantilla de transición que mezclaba la juventud de las jóvenes promesas como Asier del Horno, Fran Yeste, Pablo Orbaiz o Dani Aranzubia con la veteranía de los Josu Urrutia, Bittor Alkiza, Aitor Larrazabal o Rafael Alkorta. En 2003, tanto Jesús Gil como Enrique Cerezo fueron condenados por la Audiencia Nacional en el llamado «Caso Atlético», por un delito de apropiación indebida, al obtener la mayoría accionarial del club sin la aportación de capital alguno. El Athletic había ofrecido la renovación a Jupp Heynckes a pesar de que este ya había dejado claro a mitad de temporada que no seguiría en el club rojiblanco. A mitad de temporada Irureta es cesado y ocupa su lugar José María Amorrortu, que termina la campaña.

El equipo masculino del Athletic cosechó una mejor campaña que la anterior, jugándose en la última jornada el poder entrar en Liga Europa de la UEFA. El nombre de «yeyé» proviene del coro de la canción «She Loves You» de The Beatles, después de que cuatro miembros del equipo posaron para Diario Marca con pelucas emulando a la banda británica. Para la nueva temporada 2002/03 el Athletic de Heynckes, que ya la temporada anterior incorporó a la primera plantilla desde el Bilbao Athletic a Carlos Gurpegui, para esta nueva temporada subió a dos nuevas promesas como Joseba Arriaga y Aritz Aduriz este último después de varias idas y venidas terminaría siendo una leyenda del club. Parte de esta dehesa pasó en el S.XVI a la aldea de Torrequemada, como término propio, en lo que ahora denominamos “prao” o dehesa boyal. Se llega a una torreta de elevación de agua, podremos observar las numerosas aves que conviven en torno a la gran balsa de agua de Cerro Alto (construida como depósito para la zona oeste de regadíos). El resultado no dejó contentos a ninguno de los dos equipos, pero sirvió al Atlético para continuar líder, ya que Udinese y Celtic habían empatado en el otro partido del grupo, por 1-1. De esta manera, la clasificación no se alteró y el Atlético fue primero por el golaverage general una jornada más.

El primer escudo del Paris Saint-Germain apareció en 1970 y consistía en una bola y un buque, que son dos poderosos símbolos de París, y fue utilizado durante las siguientes tres temporadas. Durante toda la temporada los leones lucharon por terminar lo más arriba posible en la clasificación y llegó por fin la última jornada; El Athletic dependía de sí mismo para lograr la clasificación para la Liga de Campeones y conquistar el subcampeonato de Liga. En la temporada 1998/99 el Athletic participó por 4.ª vez en la Copa de Europa, rebautizada como Liga de Campeones. En cuanto el árbitro pitó el final se desató la euforia en San Mamés, el Athletic cumplió sus 100 años de historia proclamándose Subcampeón de Liga y logrando la clasificación para la Liga de Campeones. Al terminar esta última temporada el Athletic acabó la liga 15.º, la que suponía la peor clasificación del club en su historia, un rotundo fracaso. En el verano de 2001 se realizaron nuevas elecciones a la presidencia del Athletic, José María Arrate decidió no volver a presentarse como candidato después de ocho años de mandato. El fichaje del delantero portugués Cristiano Ronaldo, del que fue artífice, es otro de los acontecimientos más trascendentales de su mandato.

Esta temporada también supuso el principio del fin para Julen Guerrero; San Mamés veía como su preciada perla, el gran ídolo de los 90, cada vez era más habitual en los banquillos. En el verano de 2003 Ignacio Ugartetxe sustituyó al fallecido Javier Uria como presidente del club. Tras la negativa de Jupp Heynckes, el Athletic puso la primera plantilla en manos de Ernesto Valverde, hasta entonces entrenador del conjunto filial. Además de las incorporaciones a la plantilla del portero Imanol Etxeberria, el delantero Ismael Urzaiz o la joven estrella guipuzcoana Joseba Etxeberria, que llegaba con solo 17 años al Athletic proveniente de la Real Sociedad. Su primera decisión importante fue contratar a Jupp Heynckes como entrenador del Athletic para los dos años siguientes. También valen destacar trabajos como los del humorista gráfico y escritor argentino Roberto Fontanarrosa, ya que muchos de los mismos estaban relacionados con el fútbol. Para conmemorar esta fecha histórica el club organizó una serie de actos, como fueron los conciertos de Luciano Pavarotti y de los Rolling Stones celebrados en la Catedral, la organización del XXI Congreso Nacional de Peñas del Athletic.